Para descentralizar as atividades e alcançar todos os servidores federais filiados no Estado, o Sindsep criou as delegacias sindicais, hoje chamadas de subsedes. Elas funcionam como pontos de apoio em locais estratégicos, com o objetivo de socializar as informações geradas na sede, em Recife.

A origem da descentralização se deu com o primeiro presidente do Sindsep, Jurandir Liberal, que criou pólos em algumas cidades do interior. Mas, as delegacias sindicais com a estrutura que possuem hoje só começaram a ser criadas na época em que o coordenador geral era Isac Santos.