O ano de 1947 foi anunciado como preparatório das comemorações do centenário de Ruy Barbosa. Em 20 de maio, o deputado federal Gilberto Freyre, em discurso escrito, defende a importância de comemorar-se o centenário de nascimento de Joaquim Nabuco, em 1949, enaltecendo sua figura de reformador social. Sugere ao Ministério de Educação e Saúde a instituição de um prêmio de cinqüenta mil cruzeiros ao melhor ensaio sobre Nabuco e a publicação, em edição popular, dos discursos parlamentares onde ele se posiciona, na Câmara dos Deputados, como reformador social.

Já em dezembro de 1948 Gilberto Freyre defende em discurso na Câmara dos Deputados a criação de um instituto de pesquisas com o nome de Joaquim Nabuco, argumentando que a homenagem acrescentaria "ao efêmero e ao convencional das cerimônias simplesmente festivas e acadêmicas do centenário do grande brasileiro, alguma coisa de duradouro e fora das convenções".

José Antônio Gonçalves, foi o primeiro Diretor do Instituto Joaquim Nabuco. Inicialmente, instalou-se em algumas salas cedidas pelo Instituto Arqueológico, na Rua do Hospício, 130, na cidade do Recife, mas em 1952, uma ação conjunta do sociólogo Gilberto Freyre e do Diretor Paulo Maciel resultou na desapropriação, pelo Decreto nº 30838, de 15 de março de 1952, do prédio de nº 2.187 da Av. 17 de Agosto, no Caldeireiro, onde até hoje funciona a sede da Instituição.

As principais missões do Instituto são: produzir, acumular e difundir conhecimentos; Resgatar e preservar a memória; e promover atividades científicas e culturais, visando à compreensão e ao desenvolvimento da sociedade brasileira, prioritariamente a do Norte e do Nordeste do país.

Preservar e fazer a difusão do patrimônio histórico-cultural brasileiro, especialmente do Norte e do Nordeste, é uma preocupação permanente da Fundação Joaquim Nabuco (Fundaj), que mantém e disponibiliza fontes de pesquisa sobre o homem norte-nordestino, sua história e seus modos de vida. A Pesquisa Social é a atividade essencial da Fundação, tendo motivado a sua criação e se afirmado nos seus Estatutos.

O apoio à produção e à difusão da cultura das Regiões Norte e Nordeste e a promoção do intercâmbio, inclusive, internacionalmente, é mais uma linha de atuação da Fundaj. Sua atividade compreende a literatura, a artes plásticas, o teatro, a dança, a música, o vídeo, o cinema.

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